如果没有公元年所发生的一次动乱，也许刘裕将会扛一辈子的锄头，但机会确实摆在他面前了。这年，桓玄叛乱，东晋朝廷派司马元显和刘牢之率军讨伐桓玄。但由于司马元显怯战、刘牢之被收买，桓玄挥师进入建康，从此总揽朝政大权，成了东晋的主宰，刘牢之也随之被杀。

刘牢之死后，桓玄又先后杀害北府将领高素、竺谦之、竺郎之、刘袭、刘秀武、孙无终等人。这时的刘裕在北府军中的资格还不算老，桓玄不但没有杀他，反而起用了他。刘裕后因击破卢循之功，又加官彭城内史，深得桓氏倚重。他不露声色，表面上对桓氏忠心耿耿，暗地里却加紧活动，团结了一大批北府军中下级军官，时刻准备举旗倒桓。

公元年，桓玄正式即皇帝位。刘裕遂于次年与何无忌、檀凭之等人在京口起兵。桓玄闻知刘裕等举兵反，非常害怕。有人很不理解，问他说：“刘裕等人乃乌合之众，势力微弱，必然不会成功，陛下为何如此忧虑？”桓玄摇摇头，叹道：“刘裕足为一世之雄刘毅家无斗粮之储，而郁蒲却一掷百万何无忌酷似其舅这些人共举大事，怎敢说他不会成功。”

刘裕率军击败桓玄手下的骁将吴甫之，并将吴甫之斩杀。随后乘胜进击，遇到了右卫将军皇甫敷的阻击。檀凭之战败阵亡，只剩刘裕孤军作战，被敌兵层层包围，被皇甫敷差点杀死。正在危急时刻，刘裕的援军赶到，将皇甫敷杀死，刘裕方才得救。桓玄听到两将战死的消息后大惊，一面继续派将出战，一面悄悄预备舟船，准备形势紧急就溜之大吉。

刘裕率军又击败桓谦部队，吓得桓玄率亲信数千人，诈称出战，坐船逃走。刘裕遂进入建康城，派刘毅、何无忌追击桓玄，自己坐镇京师。

刘裕进入建康后，经过一番整顿，使建康民心安定下来。之后，桓玄被刘裕追兵杀死，桓氏之乱遂平。公元年，刘裕将白痴皇帝司马德宗迎回建康，重登皇帝宝座。公元年，由于朝臣拥护，刘裕入京辅政，掌握朝廷大权。

公元年，刘裕率军北伐南燕，很快将南燕消灭，生擒南燕国君慕容超，送至建康斩首。这次北伐南燕的胜利，收复了青、兖广大地区，朝廷内外无不赞颂刘裕的功德。刘裕的功业，此时已经超过祖逖、桓温，他的声望一下子大大提高，朝中再也无人能与他相抗衡了。

这时，刘裕与刘毅产生矛盾，发生战争，随后刘裕在桑蒲州击败刘毅，又乘势将起兵叛乱的卢循、徐道复消灭。刘裕的威望进一步提高，遂有代晋自立之心。这时，在桑落州遭惨败的刘毅见刘裕得胜而归，威望大增，自己却毫无建树，便增添了怨恨之情。于是起兵，反对刘裕。刘裕立即派手下的两员得力战将王镇恶、蒯恩为前锋，讨伐刘毅。王镇恶与蒯恩很快击败刘毅，逼得刘毅兵败自杀。

刘裕又亲率大军，先后剿灭诸葛长民、司马休之、鲁宗之、谯纵等江南的割据势力，平定江南。